醫學院
慈濟大學醫學系的教育目標為培養術德兼修、關懷生命、擁有慈濟大愛與利他之情懷，善於溝通、重視團隊合作，樂於承擔社會責任，並具備主動及終身學習的能力，以奠定醫學生成為良醫之基礎。教學特色：1.「無語良師」課程；2. 精緻的臨床技能中心；3. 跨院區整合之教學、研究；4.典範的床邊教學。
醫學系修業年限為六年，課程以四大架構規劃-1.醫預科階段：基礎科學與通識課程；2.基礎醫學：整合基礎與臨床醫學(模組課程) ，以器官系統導向之模組，基礎醫學搭配臨床情境之介紹，並提早與臨床銜接；3.臨床實習：一般醫學核心能力；4.醫學人文：垂直與橫向的整合。
本系成立於民國83年慈濟醫學院創校之初，旨在培養品學兼優的醫學檢驗與生物技術人才。課程除了教導臨床檢驗的專業知識外，並著重生物技術的教學及分子生物檢驗技術。本系的特色在發展藥物檢驗課程及藥物相關的檢驗技術、加強先進檢驗技術的教學與實驗，並藉由「專題研究」課程，引領同學參與研究而得到更多的實作技巧，乃至更全面完整的實驗設計的邏輯思考訓練。日後朝向於生物技術及醫學檢驗並重的方向發展。
本系專任教師長期耕耘地方及輔導學生，使本系畢業生「就業率」與「研究所升學率」均有優異成果，應屆畢業生考 上公私立大學研究所之比例約達三分之一。跨領域多元學習平台：公共衛生五大專業領域為「環境與職業衛生」、「流行病學」、「生物統計」、「衛生行政與管理」及「社會行為科學」。本系課程設計強調五「域」並重，師資充沛足以支援各領域教學及帶領學生進行跨領域合作。
公共衛生教育目的在培育具備良知良能、濟世胸懷、敬業合群暨服務精神的優秀公共衛生人才培養醫療專業，尊重生命，關懷社會及具有終生學習能力的良醫。
學系特色
(一) 強化課程教學與臨床實務之連結。
(二) 共享慈濟四大志業資源，提供多元學習。
(三) 設有進階護理人才培育研究所。
(四) 強化師生國際交流活動。
(五) 實施導師、慈懿會、諮商中心三軌輔導制度。
學科意涵
學士班：培育具備人文與專業兼容並蓄的護理人才
碩士班：培育具備健康照護、研究及決策能力的臨床護理專家
學系特色
1. 辦學著重生物醫學與資訊的跨領域學習。
2. 課程規劃理論與實務並重。
3. 著重程式設計相關課程，要求上機實習，強化就業力。
4. 透過組隊進行專題實務研究，培養團隊開發精神。
5. 系上訂有程式能力檢定門檻。
6. 系所設備軟硬體充足，空間寬敞舒適。
7. 獎學金豐富，學雜費獎勵優待。
學科意涵
醫學發展攸關全體民眾健康，而資訊科技在此發展中已扮演著不可或缺的角色，慈濟大學於民國91年設立醫學資訊學系招生，為國內首創學系，以培育能應用資訊科技於健康照護之跨領域專才，讓資訊在健康照護中能盡其用暢其流，提昇健康照護之效率與品質。
學系特色
一、本系為四年制的物理治療學系，目標為培育符合醫療臨床需求的優秀物理治療師。本系教師專長領域完整堅強，包含：骨科、神經、小兒與心肺物理治療。
二、不同於六年制的課程，本系學生在大四臨床實習結束後，即可參加物理治療師執照考試。
三、本系也設有碩士班，提供繼續升學管道。針對大學部成績優異學生，本系提供五年一貫課程規劃，可在入學五年後取得碩士學位。
學科意涵
物理治療中的物理包含兩個層面，分別為身體的活動(physical activities)與物理的因子(physical agents)，說明了物理治療的核心價值。「物理治療」是應用對身體動作的了解引導良好的身體動作，配合儀器物理因子治療、徒手操作治療、運動治療或輔具協助，進一步促進、改善或恢復健康。
學系特色
因應近年來生物科技蓬勃進步、生物醫學及生物資源相關研究之快速發展，本系針對具有特色及發展潛力學群主題，規劃「生物醫學與應用」及「植物與微生物」兩大學群，並設計各學群之基礎及專業核心課程，作為學生依其個人興趣修習依據。此外，本系發展中的生物數據應用及分析，醫藥研發，生物材料應用為亮點教研特色，強調做中學，以及學中做。
學科意涵
本系系名係在了解並學習生物體發生，生存，老化及死亡等階段，以及衍生之生物科技及研究議題。
學系特色
本系藉由充實的基礎課程及實驗技術養成，訓練學生具備投入研究或產業所需的知識與技能，培養能終生學習並具人文服務精神的分子生物暨人類遺傳之人才，未來在公私立學術單位、醫療院所研究部門、生技公司與藥廠等參與學術研究、產品研發、管理及銷售等發揮所長。
學科意涵
分子生物學是對生物在分子層次上的研究，其架構了以分子的微觀層次對生物巨分子結構、功能、基因體結構及其表達調控的研究與了解，並進一步對解說基因在細胞中生物功能運作的物理和化學原理。利用分子生物學的研究方法與工具進一步研究遺傳與疾病之相關領域。